Из-за неправильной логической структуры жесткого диска компьютер может, например, не загружаться из разделов, в которых операционная система устанавливается из ранее созданного образа. В главном разделе диска может быть вместо MBR записана структура, характерная для логического раздела диска. Такая ситуация может возникнуть, если, например, до этого диск не содержал первичных разделов и использовался лишь в виде одного расширенного или логического раздела для хранения архивных данных, но в дальнейшем предпринимались неудачные попытки создания первичного раздела на части дискового пространства, выделенной из логического раздела.
Труднораспознаваемая ситуация может возникнуть, если на винчестере устанавливались разнородные операционные системы, например Windows и Linux различных видов, без четко осознаваемой пользователем получающейся логической структуры диска. В дальнейшем возможности модернизации таких операционных систем могут стать ограниченными, а часть из них перестанет загружаться.
Радикальным средством решения проблем этого типа может стать перенос всей ценной информации на другой носитель, полное стирание всех данных на винчестере, начиная с его нулевого сектора, и последующее форматирование hdd заново.
